所有作者：郭兴益 王煜
作者单位：浙江大学生物信息所
论文摘要：水平基因转移（HGT）现象在许多原核生物中均有报导，对于其适应新的生境有重要意义。有关原核生物DNA转移到高等真核生物核基因组的大规模水平基因转移的文章寥寥无几。对于通过水平基因转移渗入水稻基因组的基因数至今仍没有研究。基于大规模的序列比对和系统进化分析，我们认为水稻全基因组中４２６５３条编码基因有２８７８条（６。７％）跟水平基因转移有关。基于序列相似性，超过５５。７％的转移基因是倍增基因。这２８７８条基因中，５２。６％的基因（１５１５条）可根据其基因组的物理位置分为５８７个邻近基因群（每个群包括２到８个基因）。许多基因群可以在原核生物中发现共线性区域。在这些水平转移基因中，跟细胞加工和新陈代谢相关的基因占很高比例，比如编码水解酶相关基因。相比非水平转移基因，水平转移基因在胁迫响应和生物刺激方面占更高的比例。水平转移基因占了水稻基因组很高的比例（６。７％），是目前真核生物中最高的。许多水稻与原核生物间短的水平转移基因共线性区域表明片段插入是水稻HGT的一种转移机制。基因倍增在水平转移基因向新的物种扩增中扮演了重要作用。HGT基因看似是物种对有利环境的适应产物。
关键词： 水平基因转移 基因倍增 rice 原核生物
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